关系很好。郭冲甚至将严正肃当做兄弟，对严正肃比对郭冰这个亲弟弟还好。以至于严正肃中了进士之后，郭冲奏请先皇要将严正肃破格留在京城为官。要知道，除非是一甲进士，可进翰林等馆阁之中为学士，可留在京城之外。其余的人则必须要在外地为官历练，方有机会调任京城的。严正肃并非一甲进士，郭冲其实这就是替严正肃走后门了。
然而，郭冲的想法却是一厢情愿，严正肃一点也不领情，他希望能去京外实现自己为一方百姓做实事的理想。他不愿留在京城，在翰林馆阁之中浪费时间。郭冲百般相劝，严正肃就是不肯。严正肃的执拗是出了名的，有时候即便是郭冲也不得不容忍他的倔强。这一次郭冲照样没能说服严正肃。严正肃打起铺盖离开京城，从此，二十余年间，他辗转任了三任地方县令，两任通判。
庆丰元年，郭冲登基为帝。很快便下诏召严正肃进京任职。严正肃的第一个职位是三司副使，分管户部。在他人看来，严正肃这是一飞冲天了。然而严正肃只在京城呆了三个月，便闹着要离开。郭冲再一次没能说服严正肃，最后派他来到杭州当了知府。
没有人明白严正肃为什么要这么做，没有人理解他为何喜欢离开京城到外边来当这些地方的小官。有人说他高风亮节，有人说他不识时务，有人说他沽名钓誉，更有人说他脑子有问题。但严正肃一概一笑置之。只有他自己知道自己在干什么，只有他自己明白自己想要什么。二十多年的底层为官的生涯，让他积累了许多，让他看清楚了许多。他心中一团火苗在跳动，就等着东风起时烧起熊熊烈火，到那时，也许人们便会明白他严正肃到底要什么。