土司与各级地方政府之间也是矛盾重重。
土司承袭需要州县官转呈，有的地方官就借机敲榨，多方刁难，或无端欺压，酿成仇杀。
有的土司向州县官送礼，若被上司知道，州县官则反诬土司行贿钻营，若不送礼，“则加以傲抗之名，摭拾小事，申报上司”，使土司左右为难。
土司和地方官之间的矛盾，有时又进而引起相互挑动汉民与土民之间的矛盾，同时又加剧了汉民与土官，和土民与地方流官之间的矛盾，成为制造民族纷争或事件的肇端。
其次，是贵州广大的“苗疆”，尚未直接纳入流官的统治，因地方官吏的压迫，或统治阶级制造的“苗患”，也成为雍正时期在贵州进行改土归流，开拓“新疆”的缘由。
如蓝鼎元《论边省苗蛮事宜书》称:“楚蜀两粤滇黔之间，土民杂处，曰苗曰徭曰僮曰仡佬，皆苗蛮之种类也。其深藏山谷不籍有司者为“生苗”，附近郡邑输纳丁粮者为“熟苗”。
熟苗与良民无异，但亦畏汉民，而尤惧官长。
但土民之顽顺，惟视土司，土司多冥顽不法，坐纵其行凶杀夺，而因以为利，即使事迹败露，大吏督责，无参罚处分之加乎其身，是以无所忌惮，而敢于无所不为也。”
因此，蓝鼎元向清廷建议实行“削土”之法“可令土司畏惧。”其具体则例是:“照所犯轻重，削夺村落里数，以当罚俸降级。所犯重大至革职者，相其远近强弱，可以改土为流。即将土地、人民归州县官管辖，勿许承袭。并土民有不甘受土司毒虐，愿呈改土籍为汉民者，亦顺民情，改归州县。其深山穷谷，流官威法所不及之处，则将
第三百零七章 转变与发展(8/9)