但是，来自天朝上国的诏命不容违抗，于是，一个名叫“李舜臣”的军官被升任指挥佥事，出任全罗道水军节度使，随即又带着数十位朝鲜水军各级军官来到大明海军讲武堂，与明军海军军官一同接受培训。照朱厚熜的安排，如果一时还不急于远征日本，待他们结束为期半年的集训之后，还要安排他们随东海舰队实习。
跟朝鲜李氏王朝一样，历代琉球王都向大明皇帝请求册封，俯首称臣，约期朝贡，从不间断。甚至比之朝鲜李氏王朝，琉球王国则更是大明藩属之国模范中的模范：自洪武五年起，他们就一直使用中国的年号，奉中华天朝上国为正朔，使用汉文、身穿唐服，就连国都首里城的宫殿，都不是坐北朝南，而是面向西方，以示归慕中华之意。除了出于地域歧视，不许他们岛国敬献美女之外，大明历代皇帝也对琉球王国颇为礼遇，明太祖朱元璋赐闽人三十六姓入琉球，不但带去了中华先进的文化，还教给当地人农耕之法操舟之术等先进技术，使得一直封闭于汪洋大海之上的琉球王国有了走出海岛的能力，特别是大明停止了日本的朝贡贸易之后，琉球王国更成为中日贸易之间的重要中转站，从中受益匪浅。
倭寇自中国东南沿海败逃到琉球王国境内，琉球王国已主动派遣兵马战船协助东海舰队追剿，歼灭倭寇数百人，救出中国被掠百姓数十人，得到了明朝的大量赏赐。朱厚熜之所以还特意下令他们加强武备，一是为了防备东南沿海的倭寇死灰复燃；二来主要是给刚刚设府置县的台湾作为后援基地，目的已不仅仅是防御日本萨摩藩诸国的报复，而且还要防备可能会对台湾岛动心的葡萄牙、西班牙等欧洲列强。