给了毫无免疫力的当地土著居民，多达两千万印第安人死于几场大的瘟疫之中，以致曾经盛极一时的墨西哥阿兹特克帝国、南美洲印加帝国从此一蹶不振，美洲大陆从此沦为西班牙殖民地。虽说如今海外贸易日渐繁盛，各国商人都不远万里前来大明货殖，并没有将中国所没有的疾病传播过来的迹象，但是，小心驶得万年船，可不能为了与葡萄牙人争夺亚洲霸主之权，让几个战俘把大瘟疫带到了中国！
不过，照直这么说的话，一来戚继光等人也未必能听得懂；二来即便他们听得懂，也未必会真正重视。可若是既听得懂，又高度重视，岂不乱了军心堕了士气？
因此，朱厚熜补充说道：“如今国内对于夷人，无不激愤难平。为免朝野内外养虎之讥，你们所俘获的佛朗机人军官兵士先不要送回国内，朕将着令广东巡抚衙门在琼州外海辟一小岛，效法崇明岛倭人战俘营之成例，设立夷人战俘营，集中看押夷人战俘，进行教育感化，使其诚心归化，为我所用。”
接着，他又说道：“大战一起，军中弟兄难免会有伤亡，那些海外侨胞被夷人凌虐日久，想必也急需救治。既要救护战场伤者，又要救治民间病弱，只靠你们东海舰队的医护兵，力量就未免太过薄弱了。好在朕已着令太医院抽调半数医官星夜南下赶往泉州，并着令福建、广东两省重金礼聘民间名医若干，亦齐聚泉州。这些医者由太医院医正李时珍李先生带队，随你们远征军同行。军中一应医事，应悉数听从李先生的安排调度，任何人不得干涉。”