凡科甲正途出身的进士，哪怕只是熬资历，二十一年熬下来，在朝少说能混到六部诸司员外郎；在地方少说能混到知府，都是正四品的职衔。孙嘉新却至今仍是一个七品县令，两相比较，悬殊未免太大了。
个中原由，高拱发现了症结所在：嘉靖十八年，一意玄修、妄求成仙的皇上听信劭元节、陶仲文等妖道蛊惑，打算将皇位传于只有九岁的太子，已擢升为浙江曹州从五品知州的孙嘉新愤然上疏劝谏，因此触怒皇上，被削职为民。直到三年后的嘉靖二十一年，皇上幡然悔悟尽改前非之后，他当年会试中式的房师、吏部左侍郎徐阶才趁着京察的机会，给他平了反。因事涉皇上颜面和声誉，又与自己有师生之谊，徐阶不好升他的官，就以原职衔起复，调任浙江台州任从五品知州。越二年，因新政之争，诸多藩王宗亲、勋臣贵戚谋逆倡乱，江南数省蜂起影从，许多忠心于朝廷的官员不愿参与谋逆，纷纷挂冠而去，逃回北方。孙嘉新虽拒绝在时任浙江巡抚的逆臣郭万象上呈伪明朝廷监国、逆益朱厚烨的劝进表上签名，却仍留在台州，继续升衙理事，同时操练乡勇，结寨保境，抗拒各地乱兵入境扰民。比之那些挂冠而去的官员，孙嘉新此举虽说是保全了治下百姓免遭兵火涂炭，却等若是首鼠两端，为臣不忠，依律要以从逆之罪严惩重处。幸好朝廷迅速平定了叛乱，皇上为安抚国朝赋税重地江南诸省，并收揽天下士心，对参与谋逆的官绅士子都从宽处置；台州十万百姓也上万民书，为他求情，徐阶便再次从中为他斡旋，免了他的抄家之祸、牢狱之灾，连降四级，贬到广东一个县里做正八品的县丞，嘉靖二十六年才按例升为诸暨知县……