接着，他又给高拱、戚继光写了一份手札，严厉斥责他们不遵从自己曾经说过的“军中一应医事，应悉数听从李先生的安排调度，任何人不得干涉”的上谕，瞒报军中重大疫情。日后但有类似情事，必须即刻奏报，违者严惩不贷。并着令他们会商南洋宣慰使司衙门，指示吕宋国提供大量瓜果菜蔬，务必在休整期间治愈军中病患——跨海远征不同于当初东海舰队在近海剿倭，若是从国内转运新鲜瓜果菜蔬，不但劳时费力，且路途遥远，等运到吕宋，少说也有一大半都腐烂了，还不如就在当地采办，照价给值，所需开销从吕宋国岁贡五十万两白银中扣减便是。同时，自己将责令军需供应总署给远征军调去一部分粗粮，此举并非朝廷拿不出那么多的白米细面，更不是有人故意克扣军粮，而是为着军中将士们的健康着想，他们要认真做好解释工作。
有御前办公厅的众多秘书朝夕侍奉左右、伺候文墨，朱厚熜已经很少自己提笔写字了。今日一口气写了两封手札，不免觉得手腕酸困，搁下笔，双手交叉，活动手腕和十指，同时心中慨叹不已：当年被老师罚抄三十遍、五十遍的作业，也视若等闲、一挥而就。如今才写这么区区数百字，就成了这个样子，真是养移体、居移气啊！人的惰性固然难以抗拒，可自己身为一国之君，一点疏忽大意，就会误国误军，这次的事情就是一个教训啊……