，让天不怕地不怕的董卓都感到了恐惧，于是想请公卿们商议迁都长安的事宜，结果被朱儁屡次阻止，董卓虽然厌恶朱儁和自己多次作对，但是又贪图朱儁的高名，想要借着朱儁的名声给自己洗白，于是便上表奏请朱儁为太仆，做为自己的副手。
结果在董卓的使者到达朱儁府上，想要宣示诏命的时候，朱儁便坚决推辞，不肯接受，而且还乘机说道：“国家西迁，必孤负天下之望，以成山东之衅，臣不见其可也。”
使者听了，感到非常奇怪，问朱儁道：“今日是召您受任太仆一职，您是坚决拒绝；没问您迁都的事，您却说了半天，这是为什么呢？”
朱儁却是如此说道：“副相国（太仆一职基本上等同于现在的副总理），我是不能胜任的，而迁都计，也不是什么急事，辞却不能胜任的职务，说点不关紧急的话，这是我们做臣子的本分。”
于是使者又问：“迁都的事，我从来都没有听说过。就算朝廷有此打算，也也还没有透露出来，您怎么知道的呢？”
于是朱儁又煞有其事地说道：“这可是董相国告诉我的，否则，我怎能知道？”
于是乎，使者没了办法，只好回去复命，董卓知道朱儁这是在嘲讽自己，此事于是只能作罢了。
到了公元191年，董卓火烧洛阳，进入关中之后，便决定留朱儁防守洛阳，朱儁便打算和十八路诸侯通谋，想作内应给诸侯们方便，可是到了后来，朱儁知道自己得罪了董卓很多次，董卓肯定是不会轻易放过自己的，所以朱儁害怕董卓派部队袭击自己，于是只能弃官逃往荆州，于是董卓又任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳，朱儁闻讯
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