、明都察院右佥都御史：刘志选，等以〖交结近侍罪〗应斩限秋后处决、明太子太师：魏广微，等11人与明东厂都督佥事：魏志德，等35人被罚充军罪，明苏杭织造太监：李实，等以交结近侍又次等罪充军、明礼部尚书：顾秉谦，等129人以〖交结近侍減等罪〗坐牢三年赎为民、明吏部尚书：黄立极，等44人被革职查办，明毅宗还下令废除（东厂）以南北镇抚司代替。
同时明蓟辽督师回去之后就颁发了东江镇3千5百75人的军饷，其中军官每人3两至5两、士兵每人1钱，随后命令明东江总兵今后旅顺卫以东公文用东江总兵印、以西公文用辽东督师印，还制定了东江镇营的镇江城、旅顺卫，归复辽东都司管辖被明东江总兵拒绝。
之后明蓟辽督师就亲自来到东江镇，各兵列队登岸迎接就连明东江总兵也出迎，他站在岸边欢笑着并询问道“不知袁督师大人，打算何时出兵啊？”谁知明蓟辽督师回答道“明日即可出兵北伐。”刚说完就悄悄地让明先锋参将：谢叁，带兵围绕在二位大人身边挡住东江明军。
然后明蓟辽督师就问道“自我任命督师以来人人服我，唯独你不从？念你有功我不怪你！”话音刚落还没等明东江总兵反应过来，明先锋参将就让伏兵按住明东江总兵开始摘去朝冠脱去朝服，而明东江总兵依旧继续反抗。
此时明蓟辽督师就列出十二条罪名既；大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩。（监军是祖制毛文龙是得到皇帝批准的，而且军马方面也向朝廷诉说过是合法的，这条属于强加之罪！）、人臣之罪，莫大欺君。尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩。（检查
第五十章【冤杀文龙】(3/6)