15日，太常巢堪升任司空。10月，五州雨水。
刘尚、赵世被弹劾畏懦怯战，下狱免官。由王信率刘尚之兵驻守陇西郡枹罕县、耿谭率赵世之兵驻守白石县。耿谭悬赏招诱，羌众陆续来归。势单力孤的迷唐遣使请降。王信、耿谭受降罢兵。12月，迷唐亲自率种人来到洛阳，朝见汉和帝。
20年前，汉宣帝玄孙、居巢侯刘般去世。按理爵位应由长子刘恺继承，可刘恺坚决要将爵位让给弟弟刘宪，飘然远去。10年后，有关部门上奏“既然刘恺不继承这个爵位，那就把这个侯国撤销了吧”当时在位的汉章帝刘炟特地下诏不许，以嘉其义。然而刘恺仍遁世不出。一眨眼又过了10年，有关部门再次上奏，请求撤封这个侯国。但侍中贾逵则上书建议不如就成全了刘恺让爵的这份心意。于是，汉和帝刘肇特地下诏，承认刘宪继承其父刘般的爵位为合法。而征刘恺入朝，封为郎官。
本年，南匈奴亭独尸逐侯鞮单于去世。其堂弟、湖邪尸逐侯鞮单于之子檀继任为万氏尸逐鞮单于。
永元11年（99）2月，刘肇派使者巡行天下，让贫民们能进入山林池泽中渔采，免收租税。3月18日，刘肇下诏：对天下刑徒免半刑。4月9日，大赦天下。
本年，刘肇在朝会时召见诸儒生，命中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人相难数事。最后刘肇同意鲁丕的观点，退朝之后，特赐衣冠。
永元12年（100）2月，牦牛徼外白狼、娄薄夷率种人内属。
2月，刘肇下诏给受灾郡国的百姓贷给种粮。允许流民及鳏寡孤独等社会弱势群体入陂池渔采，以助蔬食。3月14日，刘肇下诏：因灾赐
治理天下篇(2/6)