定调整工作重心，把搜捕唐赛儿的重点放到了佛门。
朱棣之所以这么做，也有以下原因:一者，搜捕人员为了推卸搜查不利的责任，有可能以唐赛儿入佛门来搪塞朱棣。二者，佛门弟子远离世俗，官府一般不介入，唐赛儿兵败后极有可能混入佛门避难;三者，唐赛儿起义时，曾自称“佛母”，朱棣以此认为唐赛儿与佛门有着某种关联。史料中也有相关记载，朱棣因“唐赛儿久不获，虑削发为尼或处混女道士中，遂命法司，凡北京、山东境内尼及道站，逮之京诘之”。
于是，朱棣下令将北京、山东的比丘尼、女道士统统逮捕，押送朝廷审讯。同年七月，朱棣又命段明为山东左参政，继续搜索唐赛儿。段明为了完成这一任务，不仅把山东、北京的比丘尼逐一搜查，全部捕捉，甚至还逮拿了全国范围内的数万名出家妇女。
关于此事，明史也有简单记载:永乐十八年二月，山东蒲台唐赛儿反，唐赛儿不获，溟逮天下出家比丘尼万人。
一直到朱棣病逝，他一心想捉拿到唐赛儿的愿望也没能实现。明朝强大而又严密的特务、巡察机构，在捉拿唐赛儿的问题上，因为不得民心，即使想出通过捕捉天下尼姑的荒唐、极端的办法，最终也无济于事，得到的结果是“赛儿卒不获，不知所终”。唐赛儿究竟哪儿去了多少年来，不少历代史学家，为了寻觅这位巾帼英雄的最后归宿，穷经皓首，至今仍无定论。
“施主，老尼来此，是想向二位所寻一物”她的嘴唇蠕动着，唇边的皱纹化成了一朵菊花