功那些渔民能对付的，在弘光三年的三月份，也就是1646年三月，佟国鼐带着五万清军，从郑成功手里夺回了漳州府和泉州府。
满清福建巡抚佟国鼐得知郑成功的主力军队都在大小金门岛，厦门防务松散，似有可趁之机，乃命令马得功、王邦俊等趁虚攻击厦门。马得功挟持身在南安的郑芝豹，命其jiāo出船舰渡载清军往厦门，并且顺利在海面上击败郑军。面对清军来袭，负责厦门防务的郑芝莞未战先怯，只顾著将财物搬运至私人船上逃亡，使得清军相当轻松就攻破厦门，并将郑家的积蓄、装备掠夺一空。由于事出突然，董夫人与郑成功长子郑经只来得及携带祖宗牌位避于海上逃过一劫。
清军侥幸偷袭得逞之后，却没打算留在厦门与郑军决战，于是满载战利品即返回内陆。这时赶赴厦门支援的郑鸿逵，正好于海面遭遇返航之马得功部队，将其围困，却被马得功威胁将害郑芝龙xing命，无奈之下只好放走马得功。
不久，郑成功得知了厦门遭袭击的讯息，他没办法不得已班师回厦门。收复厦门后，郑成功追究起责任，将怯战以逃的叔父郑芝莞斩首。而放走马得功的郑鸿逵则jiāo出兵权、自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。同年农历五月，郑鸿逵麾下大将施琅因叛变事泄擅自处决郑成功部将曾德，郑成功以此为由yu诛施琅全家。施琅虽在友人帮助下逃脱，但父亲、胞弟均被处死。从此，施琅与郑成功结下大仇，决定再度降清。
郑氏集团的内部不稳，让郑氏集团实力大损，不过也有一点好处，就是郑成功通过收拾自己的几个叔叔，终于完全的掌握住军队。至此，郑成功在陈永华等文臣，谢永常、刘国
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