部左侍郎。光绪十年（一八八四）入直军机，兼总理各国事务衙门大臣。十五年（一八**年），迁刑部尚书，旋调兵部，赠太子少保。毓汶为西太后“最得意信任之人，且与李莲英结兰谱，得以侦探内宫消息，视皇上（光绪）如虚器焉”。
即便是李鸿章对于这个孙毓汶也不敢轻视，见孙毓汶气喘吁吁的样子，李鸿章连忙拱手赔罪道，“孙大人见谅，刚才我正在琢磨抗击倭寇之事，一时没有留意孙大人叫我，还请见谅。”
“中堂大人客气了！”孙毓汶客气了一句，又猛的喘了几口气。这老家伙平时养尊处优的，身体早已经不行了，现在跑了这么两步道就累成了这样。
“不知孙大人唤我何事？”李鸿章开口问道，此时李鸿章满腹心事，也没有心情和孙毓汶客套了。