1反抗拿破仑的事情发生。拿破仑相信自己的宣传，即：他是###和埃及阿拉伯农夫的朋友，马穆鲁克统治下的土耳其政府是他们共同的敌人。原本估计最多会遇到8；000～10；000名武装的马穆鲁克的抵抗，打上一两仗的拿破仑，实际上从亚历山大到开罗的途中一直遇到凶狠的武装抵抗，直到名义上攻占了这个地区之后仍然如此。
如果换成另外一个人，而且这种情况是发生在距离巴黎较近的地方的话，如此不称职的司令官很可能不仅被革职，而且早就送到军事法庭受审或枪毙了。可是，拿破仑没有为此受到巴黎政府的传唤（那里的政府对埃及作战的情况基本上是被蒙在鼓里），正如纳尔逊说的那样：“魔鬼的孩子自有魔鬼的好运！”
同时，克莱贝尔将军尽管脑部严重受伤，仍然可以指挥，至少每天可以离开昏暗的病房工作数小时（因脑震荡和颅骨挫伤，他还需要几个月的康复期）。由于缺乏高级将领的指挥，即使是严重受伤的人仍然要留在军中尽职。拿破仑给克莱贝尔6；500名守军留守亚历山大和已经投降的省份，直到他的伤痊愈为止。克莱贝尔带伤恪尽职守，非常称职。
拿破仑下令准备继续开拔。洛歇·德达马斯将军负责攻占并驻守阿布基尔湾和那俯视停泊在海湾上的法国舰队的小小要塞，迪盖将军进军罗塞塔，由缪拉的骑兵作为先头部队。目标达到后，由另一名受伤的军官梅努作为驻守罗塞塔的总督，迪盖则回到拿破仑的主力部队。布吕埃斯中将负责组织一支由炮舰和小船组成的小舰队装上步兵，弹药和给养随拿破仑的部队沿尼罗河逆流而上，他的主舰队则留在阿布基尔湾“保护我们在那里建筑的炮台”
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