在都察院转变的过程中，也出现了不少问题，最主要的就是都察院的那些御史身上，有些御史的能力不足，无法跟着都察院的转变，对于这些人，周重只能无奈的将其调离都察院，然后从大理寺和刑部抽调得力的人手补充进来，另外还有一些地方的御史与当地官员狼狈为奸，根本不重视朝廷的法令，更不可能卖力为朝廷效力，对于这些人，周重自然是毫不留情，甚至在整顿吏治之初，第一批杀的官员就是这些御史。
都察院想要完全转变成周重希望的那个独立的司法机构，肯定需要相当长的一段时间，不过在周重将刑部与大理寺，以及地方的司法机构完全划归都察院之后，整个都察院已经具备了一定的独立性，再加上他们本来就有监督百官的职能，如此一来，一个独立监督大明行政权力的机构就完成了，而且正在行使着它的职能，这为周重整顿吏治也打下了一个坚实的基础。
都察院的变动虽然牵扯到整个大明的权力机关，但是相对来说还是比较容易的，一来都察院的权力本来就比较大，二来都察院本身也从中得利，所以都察院中的官员都对周重极其的支持，有了这些人支持，推动这项改革也就容易多了，至于另外一些官员的反对，自然有都察院的官员与他们打嘴仗，不过接下来的两项改革就十分麻烦了，甚至让周重也为之十分头痛。(。如果您喜欢这部作品，欢迎您来投推荐票、月票，您的支持，就是我最大的动力。)