朱棣登基后就遣使把自己即位的消息诏谕日本，知道日本信佛，还特别派了僧录司右阐教道成使日本，不久，幕府将军源道义就遣使圭密等三百余人，奉表贡马及铠胄、佩刀、玛瑙、水晶、琉黄诸物来了南京，朱棣当即赐圭密等文绮、紬绢衣并钱钞、纱罗有差，赐其通事官带，命礼部宴之……
完后又遣使随同日本使团前往东瀛，给新册封的日本国王源道义送了一套穿的用的东西，自此以后，中日两国官方往来一直不断。源道义死后，朱棣甚至赐谥，并且册封源道义儿子为日本国王，虽然他们一家其实只是幕府将军罢了。
在这种外交氛围下，早在永乐三年的时候，源道义就听从朱棣的要求，捕获了对马台歧等岛的若干海盗，派使臣将这些海盗押解至南京，并连续好几年向大明献俘，直到他死去。自此以后，“海隅绝警”，直到永乐十五年，大明总体处于“海洋平静”局面。
而朱棣在对外实施安抚的同时也十分重视海疆的军事防御，所以在永乐十七年，有了望海埚一仗，是明初对倭寇作战最大的一次胜利，此役让倭寇主力殆尽，大明王朝的海疆由此平静了一百多年。
最值得大书特书还是他开放海禁，遣使下西洋的举措，使海上私人贸易合法化，沿海的商人们因为有了合法渠道而不必落草为寇，朝廷也能靠收取关税而增加收入。不得不说，这是一个两全其美的方案，郑和下西洋甚至轻而易举地解决了盘踞在海岛上为寇多年的海盗陈祖义的难题。