他决定在枫桥、木椟、葑门建造关楼三处，防守城池，大力加强战备。
苏州的城池是比较坚固的，这种关楼建造在西郊寒山寺旁边，下垒石为基，四面甃砖，中为三层，上覆以瓦，旁置多孔发矢石铳炮，设关台、拱门、雉堞、女墙，成为扼守苏州城西的重要关隘，在倭寇到来的时候，就扼守关隘，倭寇不来的时候就操练民兵应变敌情。至于其他各县，有一些县城失修颓圯，知县就集民工修筑县城，比如常熟，建成城门八座，髙二丈，有四尺厚，陆门四水门四事具。
等到兵员齐备的时候，陈惇就将人统统拉到关楼训练，先将人分为刀盾手，长矛手两个兵种。陈惇从苏州各县张榜招募了善使刀枪的武师，教习刀盾标枪。其实陈惇也想训练射箭，不过后来一想，培养一个合格的射手最起码也要三到五年，抗倭能等的了这么长时间吗？而且如今热兵器还是有的，鸟铳都成功仿制出来了，干嘛不用呢？