在这期间，义勇军的舰队还差点与郑芝龙的福建水师发生冲突。原来义勇军为了追击一支流窜与广东与福建之间的海盗无意间进入了台湾海峡。当时的台湾海峡是郑芝龙的势力范围。海上的船只没有郑氏的令旗，不能往来台湾海峡。更何况是象义勇军那样的大型舰队呢？双方对峙了大约一柱香的时间。最后，以义勇军的退出告终。义勇军之所以会选择退出与香江商会对周围的势力态度有关。在孙露看来现在还不是与郑芝龙闹僵的时候。只要对方不做出过激的表现那么己方也会尊重对方的势力划分。大概是了解了香江商会的态度，郑芝龙也默认了香江商会在广东沿海的权利。
其实义勇军的舰队比起某些海盗来并不占多大的优势。之所以会在这么短的时间内拥有这么丰硕的成果。这都是得益于孙露他们所进行的海军改革。这项改革包括：1、研制和装备大战船。如香港船厂仿造“致远号”建造的长约50米，排水量达2000吨左右，载负约1000人的“新安号”和“郑和号”；2、在战舰上装备多种大口径火炮，以增强火力，大型战舰装有甲板，共配备数十门以上的完全标准化的加农炮等。再加上火炮技术的提高以及《炮兵规范守则》和《火炮保养手册》的普及使用。大大加强了火炮的命中率和火力；3、采用旗语，特别是规定用火炮、旗语、灯光构成完整的联络信号，表达航向、位置、停船、下锚、召集会议等命令。例如舰船发生漏水等故障，鸣炮二响、升后帆，及时通知主帅和友邻。这使海军历史上指挥官第一次能够在交战开始前对舰队实施不间断的指挥和发布命令；4、明确了战列线战术的地位。命令舰队：“一旦进入了全面进攻时，各分舰
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