科学院与帝国皇家工程院似乎是相似的两个部门。可实际上两者却有着巨大的差异。皇家科学院隶属于工务部，而皇家工程院直接向军务部负责。前者的主要工作是从事各类自然科学的研究，研究成果一般均对外公开。来自世界各地的人们都可以在南京学习到这些知识。一些帝国学者更是将这些科学知识向世界传播开来视作一种神圣的职责。而皇家工程院则是负责设计建造舰船、要塞等军事设施。当然武器的升级与开发同样也是皇家工程院所肩负的人物之一。由于涉及国家安全因此工程院的相关资料与数据均被视作帝国机密不得对外透露。当然两者有时也会存在交集的时候，此次蒸汽机的研制无疑就是一次漂亮的合作。
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