家族的姓氏，成为真正的三大家族的人。
当然，有资格当首领的，那必须是家族之中血脉最为纯净的主脉成员，其余分家的人哪怕对于家族，对于伊贺流的贡献再大，那也是没有办法当上家族的族长、家主的。
而伊贺流的首领，却不一定是由三大家族的人来当，在历史上便有过一个名为波风水门的藤林家族原编外成员担任了伊贺流首领，虽然他在位没有多长时间就战死，可是却也被誉为史上最强的忍者之一。
四十九院的正堂里，供奉的除了高僧行基的偶像之外，还有历代伊贺流首领的画像，像是初代服部半藏服部保长，以及最出名的第二代服部半藏服部正成等，当然，号称史上最强忍者之一的波风水门也被供奉在内。