曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。
这是因为明代土司制度还处在全盛时期，一方面土司制度对明王朝的统治还能起到一定的作用。
另一方面土司势力还比较强大，可以利用群众的力量起来反抗改流。
同时明代改流的土司地区，大部分处于地主经济兴起的时期，还未能彻底战胜领主经济，就是说土司统治的社会基础还没有受到根本的破坏，明王朝也没有力量对改流地区进行完全的控制，决定了明代改土归流的不彻底性和反复性，改土归流就只有在条件完全成熟的清朝才能彻底进行。
因此改土归流贯是通于整个清朝的事情，可以说在整个清朝的统治过程都在进行，大体可以分为3个阶段:
首先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条件改流的土司趁军事胜利改流。
1659年(顺治十六年)吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。
1664年(康熙三年)贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。
1665年(康熙四年)云南新兴州(今云南省玉溪)土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴
第三百二十二章 详情（二）(5/10)